Die dritte Halle ist die Entdeckungshalle der „neuen Nebelhöhle“. Hier waren die beiden Höhlenteile ursprünglich durch einen circa 1,5 bis 2 Meter dicken Felsversturz von einander getrennt.

Während der alte Teil der Höhle seit 1517 bekannt war, wurde der neue Teil erst am 8. März 1920 von dem Ingenieur Willi Kopp und dem Apotheker Karl Rau aus Stuttgart entdeckt. Der alte Teil der Höhle lag nun überwiegend auf der Gemarkung Oberhausen, der neu entdeckte aber auf der von Genkingen.  Deshalb bauten die Genkinger ihren eigenen Eingang, der auf Pfingsten 1921 fertig gestellt wurde und über den man heute die Höhle besucht. 

Bis zu ihrer Wiedervereinigung im Jahr 1931 wurden die beiden Höhlenteile getrennt von einander betrieben. Fledermäuse gehören zur Ordnung der Fledertiere, den einzigen flugfähigen Säugetieren. Mit Hilfe von Ultraschallwellen, die sie selbst ausstoßen und mit ihren großen Ohren wieder auffangen, entwickeln sie im Gehirn ein Bild ihrer Umwelt und orten so auch ihre Beute. Das Insektenangebot im Winter reicht nicht zum Überleben aus. Deshalb fressen sich Fledermäuse über die Sommermonate ein Fettpolster an und verbringen die kalte Jahreszeit in Höhlen, die mit ihren konstanten klimatischen Bedingungen ein optimales Winterquartier bieten.

Früher häufig und weit verbreitet, sind sie heute vor allem durch den zunehmenden Verlust ihres Lebensraumes, aber auch durch den starken Einsatz von Insektiziden gefährdet. Um die Tiere zu schützen, ist die Höhle in den Wintermonaten geschlossen.